A Hallgatói Önkormányzat (HÖK) a Természettudományi Kar hallgatóinak érdekképviseleti és érdekvédelmi szervezete. Az Önkormányzat képviseli a hallgatókat a különböző kari és egyetemi bizottságokban, tanácsokban. Szervezi, segíti a kari hallgatói életet, ezen kívül a HÖK különböző szolgáltatásokat is nyújt a hallgatóknak.

A szervezet tisztségviselőit egy évre választják, általánosságban igaz, hogy valamennyi hallgató választható az önkormányzat valamennyi tisztségére.

A kar hallgatóinak közvetlen választási joguk az önkormányzat legfelsőbb döntéshozó szervének, a küldöttgyűlés tagjainak illetve az elnök megválasztására van. Minden év tavaszán a képviselőket szakterületi alapon választják.

Az önkormányzat operatív működtetését a Küldöttgyűlést helyettesítő, részben annak tagjaiból, részben a tisztségviselőkből álló Választmány irányítja, a napi ügyeket pedig a tisztségviselők viszik. Ők emellett az önkormányzat egyes tevékenységi köreiért is felelősek, így egy-egy problémával először hozzájuk érdemes fordulni.

A TTK HÖK tagja az ELTE Egyetemi Hallgatói Önkormányzatnak is. Az ELTE HÖK egyetemi szinten végzi az ELTE-s hallgatók érdekképviseletét.