A TTK DÖK legfőbb döntéshozó szerve a Küldöttgyűlés, amit a közvetlenül választott képviselők alkotnak.  A Küldöttgyűlésnek az alábbi tisztségekre kell megfelelő embert választania, akár a képviselők közül, de nem feltétlenül:

Elnök: a TTK DÖK operatív vezetője. Tipikusan ő az aki egyeztet a Kari vezetéssel, ezért a Dékáni Tanács meghívottja.

Kari Tanács (KT) delegált (egy fő): A TTK Kari Tanácsába a doktoranduszok egy képviselőt küldhetnek. A Kari Tanács általában minden hónap második szerdáján 14 órától szokott ülésezni átlagosan két órán át.

Természettudományi Doktori Tanács (TDT) delegált (egy fő): A doktori ügyek legfőbb szerve a Karon, ahova egy képviselőt küldhetnek a doktoranduszok. A TDT körülbelül félévente kétszer szokott ülésezni.

EDÖK Küldöttgyűlés (KGY) (három fő): A TTK három képviselőt küldhet az Egyetemi Doktorandusz Önkormányzat Küldöttgyűlésébe (ez a Küldöttgyűlés a TTK DÖK Küldöttgyűlése felett van, mint ahogy a Kari Tanács felett a Szenátus). EDÖK KGY-t félévente kétszer kell tartani.

EDÖK Ellenőrző Bizottság (EB) (egy fő): Az ELTE karoknak egyetlen Ellenőrző Bizottsága van, ahova minden részönkormányzat egy-egy főt delegál. Az EDÖK Küldöttgyűlésének delegáltja vagy a TTK DÖK elnöke nem lehet egyben az EB delegált is. A Bizottság szükség szerint ül össze.

Kari Etikai Bizottság (egy fő): póttagként

Kari Ösztöndíj Bizottság (egy fő): bővebb információ a Bizottságról itt

Intézeti Tanácsok: havonta egyszer, a Kari Tanács ülését megelőzően tárgyalják az aktuális intézeti kérdéseket, átlagosan 1-2 órában.

Biológiai Intézeti Tanács - állandó meghívottként, hozzászólási joggal

Fizikai Intézeti Tanács - szavazati joggal

Földrajz- és Földtudományi Intézeti Tanács - szavazati joggal

Kémiai Intézeti Tanács - szavazati joggal

Matematikai Intézeti Tanács - szavazati joggal

Környezettudományi Centrum Tanács - állandó meghívottként, hozzászólási joggal

Doktori Iskolák Tanácsai  (link)

Átlagosan havi rendszerességgel ülésezik, 1-2 óra időtartamban, fokozatszerzési eljárások megindítása, védések és szigorlatok szervezése  tartozik a feladatköreibe.

Az Ellenőrző Bizottság tagság kivételével a delegáltságok nem összeférhetetlenek, azaz praktikus felosztásban a TTK DÖK elnöke egyben a Kari Tanács delegált és az egyik EDÖK KGY delegált, valamint a TDT delegált is.